Thunder at Our Gates introduit les Capitaines de navire (équivalent naval des commandants de division), un Concepteur de divisions agrandi avec nouvelles hotkeys, et les Compagnies de soutien régimentaires — un nouveau niveau de personnalisation entre le soutien divisionnaire et les bataillons de ligne. Les médailles ont maintenant des effets navals spécifiques.
Dans Hearts of Iron IV Thunder at Our Gates, les Capitaines de navire fonctionnent comme une implémentation navale des commandants de division. Chaque navire individuel reçoit un capitaine qui gagne de l'expérience à bord et peut recevoir des médailles à effets navals spécifiques. Un journal d'historique détaillé retrace combats, coulages et assistances. Un capitaine de destroyer forme logiquement un meilleur amiral pour les flottes de destroyers.
Les Compagnies de soutien régimentaires dans Hearts of Iron IV Thunder at Our Gates sont un nouveau niveau de personnalisation entre le soutien divisionnaire et les bataillons de ligne. Elles ajoutent des stats à une division sans surcharger la largeur de combat. Elles ne s'activent que si le régiment a assez de bataillons de ligne, et certaines compagnies ne sont pas compatibles avec les bataillons motorisés ou blindés.
Le Concepteur de divisions dans Hearts of Iron IV Thunder at Our Gates devient disponible pour tous les joueurs et reçoit une refonte visuelle. Il est agrandi pour tenir sur un écran 720p, affiche désormais un indicateur de largeur de combat directement dans la grille, met mieux en avant les ressources et coûts de production, et ajoute des raccourcis clavier (shift-clic) pour remplir instantanément des régiments avec des bataillons du même type.